Die Behörde ist aus der 1886 für den Bau des seinerzeitigen Kaiser-Wilhelm-Kanals (heute Nord-Ostsee-Kanal) eingesetzten kaiserlichen Kanalkommission, hervorgegangen.

1919 wurde die Behörde in Reichskanalamt umbenannt. Am 1. April 1939 wurde das Reichskanalamt aufgehoben und man errichtete die Wasserstraßendirektionen als eine gesonderte Abteilung beim Oberpräsidenten der Provinz Schleswig-Holstein. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs wurde die Wasserstraßendirektion Kiel zunächst der Landesverwaltung von Schleswig-Holstein unterstellt.

1947 erfolgte nach einer Verwaltungsreform die Umbenennung der Wasserstraßendirektion in Seewasserstraßendirektion.

Die Behörde hieß zwischen 1949 und 1975 Wasser- und Schifffahrtsdirektion Kiel und ab 1976 Wasser- und Schifffahrtsdirektion Nord.